პროფესორი ვოლფგანგ მერკელი 2004-2020 წლებში იყო ბერლინის სოციალური მეცნიერებების კვლევის ცენტრის (WZB) დეპარტამენტის - „დემოკრატია და დემოკრატიზაცია“ დირექტორი და ბერლინის ჰუმბოლტის უნივერსიტეტის პოლიტიკური მეცნიერებების პროფესორი. ის ასევე იყო მაინცის (1995-1998) და ჰაიდელბერგის უნივერსიტეტების პოლიტიკური მეცნიერებების პროფესორი. სხვადასხვა დროს მიწვეული პროფესორი იყო მადრიდის, სიდნეის უნივერსიტეტებში, ჰერტის მმართველობის სკოლაში, ბერლინში.
ის არის და იყო არაერთი აკადემიური ინსტიტუტის წევრი, მათ შორისაა ბერლინ-ბრანდენბურგის მეცნიერებათა და ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა აკადემია. ის ასევე არის გერმანიის სოციალ-დემოკრატიული პარტიის (SPD) აღმასრულებელი კომიტეტის ძირითადი ღირებულებების კომისიის უპარტიო წევრი. მერკელი იყო ევროპის რამდენიმე სოციალ-დემოკრატიული მთავრობის პოლიტიკური მრჩეველი.